L'expérience acquise au fil des ans rend William Wakeham capable de régler les conflits qui naissent entre les eaux limitrophes du Canada et celles des États-Unis. En 1893, le Conseil privé le nomme président, avec l'Américain Richard Rathbun, d'une commission mixte visant à examiner les eaux limitrophes canadiennes et américaines et les lieux de pêche. Ils étudient également les techniques de pêche et les façons de prévenir la pollution du milieu marin, études qui deviendront la base du TRAITÉ DES EAUX LIMITROPHES.
Le gouvernement canadien veut obtenir des renseignements au sujet de l'état de la navigation par le DÉTROIT D'HUDSON et, en 1897, Louis Henry DAVIES, le ministre des Pêches, donne à Wakeham les commandes d'une expédition pour réévaluer la période au cours de laquelle le détroit est libre de glace. L'expédition a également pour objet de faire valoir les droits canadiens sur l'ÎLE DE BAFFIN et l'ARCHIPEL ARCTIQUE, ce que Wakeham accomplit lorsqu'il proclame la souveraineté canadienne sur l'Arctique à Kekerton, sur l'île de Baffin, le 17 août 1897.
La dernière affectation fédérale de Wakeham survient en 1909, alors que le Parlement lui confie la mission d'étudier l'industrie du homard, qui, à l'époque, est deuxième en importance seulement par rapport au saumon dans l'industrie de la pêche canadienne. Avec Robert Norris Venning, surintendant des pêches, Wakeham enquête pour savoir si l'industrie de la conserve du homard pourrait être protégée et la survie des espèces assurée. Leur travail entraîne une politique nationale visant à favoriser la pêche du homard et à établir de meilleurs systèmes de contrôle pour assurer l'avenir de l'industrie.
Bien qu'il soit passablement méconnu dans l'histoire, son nom a été donné à neuf éléments géographiques, dans le détroit d'Hudson, au Saguenay, à Gaspé et au Nouveau Québec.


Le récit de la fondation de Montréal est peut-être unique dans l'histoire....
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