Il quitte alors l'ONF pour s'attaquer à son premier long métrage indépendant, À tout prendre (1963). Cette autobiographie en forme de fiction aborde des thèmes comme l'amour interracial, l'homosexualité, la bohème et lance le nouveau cinéma québécois. Après quelques courts métrages et un long métrage, Wow (1969), tous tournés à l'ONF, il réalise Mon oncle Antoine, récipiendaire de nombreux prix, qui lui donne une solide réputation de réalisateur. L'action du film se situe fin 1950, dans un petite ville minière, à la veille de Noöl, et montre, avec sensibilité, un jeune homme à l'approche de l'âge adulte. Jutra s'attaque ensuite à une coproduction d'envergure, Kamouraska (1973), d'après le roman d'Anne HÉBERT. La réalisation ne satisfait pas le cinéaste et le film déçoit les attentes. Jutra en refera, en 1983, une version longue conforme à ses désirs. Après cette déconvenue, il tourne une comédie sur le mariage, Pour le meilleur et pour le pire (1975). Ses projets ne se matérialisant pas, Jutra part travailler au réseau anglais de Radio-Canada. Ses films Ada (1977), Dreamspeaker (1977), Seer Was Here (1978) et The Wordsmith (1979) comptent parmi les meilleurs téléfilms canadiens.

Il revient au cinéma avec Surfacing (1980), tiré du roman Faire surface de Margaret ATWOOD, et By Design (1981) qu'il tourne à Vancouver. Dans ce portrait humoristique de deux lesbiennes, son enthousiasme, sa sensibilité et son ironie transparaissent. Il retourne au Québec pour réaliser La Dame en couleurs (1984) dont l'histoire se déroule dans les années 40 dans un orphelinat. Il obtient cette année-là le prix Albert-TESSIER. Atteint vraisemblablement de la maladie d'Alzheimer, qui le mine depuis quelques années, il s'enlève la vie en 1986. Le 19 avril 1987, on retrouve son corps dans le Saint-Laurent, à Cap-Santé (Québec). Jutra occupe une place capitale dans le cinéma québécois, tant par l'originalité de son uvre que par son destin, et plusieurs lieux ainsi que des prix et des bourses portent son nom au Québec et au Canada.